Koortslipvirus bombardeert cellen met zijn DNA

Koortslip Het virus dat de koortslip veroorzaakt heeft een binnendruk die acht keer hoger is dan een autoband (ongeveer 2 bar). Die grote overdruk gebruikt het virus om zijn DNA in de cellen van de mens te ‘harpoeneren’. Het zou voor het eerst zijn dat ontdekt is dat een menselijk virus dit wapen gebruikt. Volgens Alex Evilevitch, assistent-hoogleraar natuurkunde aan de Carnegie Mellon-universiteit, raken virussen die verantwoordelijk zijn voor ziektes als griep en AIDS, snel ongevoelig voor de toegediende medicijnen door zich genetisch aan te passen. Dat heeft geleid tot een zoektocht naar kwetsbaarheden in de bestrijding, maar daarbij is niet gekeken naar virale eiwitten. De onderzoeksgroep van Carnegie Mellon hebben bekeken hoe het koortslipvirus (Herpes simplex-virus-1 of HSV-1) te werk gaat. Ze beschrijven hoe het virus de cel binnenkomt en ‘aanlegt’ bij de kern van de menselijke cel. Daar harpoeneren ze hun DNA in de celkern. Het was al bekend dat sommige virussen die bacteriën besmetten (bacteriofagen) gebruik maken van hoge druk om hun erfelijk materiaal in het erfgoed van de bacterie te ‘schieten’. De onderzoekers denken dat de door de virussen gebruikte methode nieuwe therapieën mogelijk maakt die niet snel zullen stuiten op resistentie. Acht verwante virussen, zoals die verantwoordelijk zijn voor klierkoorts, waterpokken of gordelroos, gebruiken het zelfde harpoenmechanisme als HSV-1.

Bron: Eurekalert

Giftigheid verbindingen berekenen

Gif
Drie onderzoekers van de universiteit van Kansas in Lawrence – Meenakshi Mishra, Hongliang Fei en Jun Huan –  hebben een rekenmethode ontwikkeld waarmee de giftigheid van een chemische verbinding is te berekenen. Giftigheid is een een relatief begrip, want afhankelijk van de dosering en de soort. In grote hoeveelheden is zelfs water giftig en wat voor de ene vogel voedsel is, is voor de ander zijn dood. Voor veel toepassingen is het handig alvorens maar één molecuul van de beoogde stof is gemaakt een schatting te maken of die stof ook in lage concentraties giftig zal zijn.
In de VS, dit bericht komt daar vandaan, zijn officieel zo’n 70 000 verschillende industriële chemicaliën aangemeld en elk jaar komen er zo’n 1000 nieuwe bij, waar zelfs niet de simpelste giftigheidstests bij worden uitgevoerd. De onderzoekers uit Kansas hebben hun rekenmethode uitgeprobeerd op 300 chemische verbindingen, waarvan de giftigheid(sgrens) bekend is. De methode zou dierproeven, nodig voor het bepalen van de giftigheid, overbodig kunnen maken, meldt Eurekalert, als de methode zijn deugdelijkheid voor de autoriteiten heeft bewezen.
De methode maakt gebruik van kwantitatieve structuuractiviteitsrelaties (Engelse afko QSAR), een methode die in de farmaceutische industrie wordt gebruikt. In deze benadering gaat het er om hoe de verschillende atomen in het molecuul met elkaar zijn verbonden en welk effect die ‘samenhang’ zou kunnen hebben op de helende werking van dat molecuul. Belangrijk is, bijvoorbeeld, de oplosbaarheid in water aangezien de processen in het lichaam zich afspelen in een waterige omgeving. De onderzoekers hebben de techniek ‘omgebogen’ naar giftigheid (in plaats van geneeskundige werkzaamheid).

Als het bericht van Eurekalert juist is, dan voorspelde de rekenmethode van de Kansasser onderzoekers twee van de drie geteste verbindingen juist. Dat is bij lange na niet voldoende om dierproeven overbodig te maken. Deze methode zou wel snel een grove schifting kunnen maken welke chemicaliën, wereldwijd zijn er zo’n 100 000 in omloop, ‘verdacht’ zijn. De onderzoekers werken nu aan een verbetering en verfijning van hun giftigheidsberekening.

Bron: Eurekalert

 

 

“Computational prediction of toxicity” in Int. J. Data Mining and Bioinformatics, 2013, 8, 338-348

Oproep farmaceutische bedrijven tot publicatie te dwingen

Peter Doshi (John Hopkins-universiteit) Publiceer het of wij doen het. Dat schrijven Peter Doshi van de Amerikaanse John Hopkins-universiteit en medestanders in het vakblad British Medical Journal en het open tijdschrift PLOS Medicine. De oproep is gericht aan farmaceutische bedrijven. Doshi en zijn medestanders hebben er genoeg van dat een groot deel (rond de helft) van de resultaten van klinische proeven niet wordt gepubliceerd. Zij willen met die oproep ook bereiken dat onderzoekers en tijdschriften actief meewerken aan de publicatie van niet geopenbaarde resultaten. Er zijn mogelijkheden die gegevens los te krijgen middels rechtszaken of via een beroep op de wet openbaarheid van informatie. Ook onderzoekers die meewerken aan de klinische proeven kunnen staan op de publicatie van de resultaten.
Doshi kwam op het idee van de oproep toen een collega de zaak rond het medicijn Gabapentine van Pfizer onderzocht. Het bleek dat Pfizer slechts van 12 van de 20 klinische proeven de uitslagen had gepubliceerd. Doshi’s instituut had echter ook de andere acht verslagen. “Waarom publiceren we die niet zelf?”. Doshi weet niet hoeveel niet gepubliceerd materiaal ook beschikbaar is, maar volgens hem zijn die hoeveelheden aanzienlijk. Een oproep van het Europese Geneesmiddelenbureau zou een oogst van 1,9 miljoen pagina’s hebben opgeleverd. Het Hopkins-instituut van Doshi heeft zelf zo’n 178 000 pagina’s aan ongepubliceerde resultaten.
Zijn collega’s kunnen wat doen, maar het hele idee valt of staat met de medewerking van tijdschriften en Doshi en medestanders hopen dat meer tijdschriften dit initiatief omarmen. De twee aan de oproep meewerkende tijdschriften noemen in een commentaar het initiatief ‘moedig’ (wat weinig goeds voorspelt) en ‘een stap in de richting van een onbevooroordeelde en volledige verantwoording van de effectiviteit en veiligheid van medische (uit)vindingen’.

Bron: Science

Enzymtruc gebruikt om kankercellen te doden

Ubiquitine Steeds vaker wordt in de speurtocht naar dé oplossing voor kankerbestrijding gerichte afgifte ingezet, waarbij het medicijn rechtstreeks naar de plaats des onheils wordt gevoerd. Onderzoekers verbonden aan het nationale Amerikaanse gezondheidsinstituut NIH hebben een methode ontwikkeld om enzymen af te leveren in kankercellen, die daardoor het loodje leggen. De methode, beschreven in het, open, tijdschrift van de Amerikaanse vereniging voor microbiologie, bestaat uit het afleveren van het dodelijke enzym afkomstig van miltvuurbacterie Bacillus anthracis PEIII aan kankercellen. Om er voor te zorgen dat het enzym ook daadwerkelijk in de kankercel terechtkomt, was PEIII gekoppeld aan een eiwitcomplex (LFn). Tussen LFn en PEIII werd een derde eiwit (ubiquitine) geplaatst, dat moet voorkomen dat PEIII onmiddellijk weer zou worden afgebroken. Normaal gesproken speelt ubiquitine een rol in de afbraak van eiwitten. Het idee was dat de cel de ubquitine van het complex zou afsnijden, waarmee de dodelijke lading vrij zou komen.
Bij muizen met een tumor werkte dat. De groei werd geremd. De toevoeging van ubiquitine bleek de effectiviteit van de bestrijding te vergroten. Als bonus verminderde door de toevoeging de giftigheid van het enzym voor niet aangetaste cellen. Er valt nog wel het een en ander te verbeteren aan het systeem om het efficiënter te maken. Sleutel lijkt daarvoor het aanpassen van het ‘beschermende’ ubiquitine, zo laten de auteurs weten.

Bron: Eurekalert

Wetenschapper de cel in voor fraude

Wetenschapper veroordeeld voor gesjoemelDe farmaceut Steven Eaton heeft 3 maanden cel gekregen voor het vervalsen van onderzoeksgegevens. Hij is daarmee de eerste Britse onderzoeker die op die gronden is veroordeeld op basis van de in 1999 ingevoerde wet op juiste labpraktijken, zo meldt BBC. Eaton had onderzoeksresultaten verzonnen bij het testen van kankermedicijnen. Hij werkte bij het Schotse filiaal van het Amerikaanse farmaceutische bedrijf Aptuit in Edinburgh. In 2009 ontdekte zijn werkgever de fraude, die in 2003 was begonnen en staakte het onderzoek waar Eaton bij was betrokken. Sheriff Michael O’Grady, een soort kantonrechter, vroeg zich af waarom een zo ervaren hoogopgeleide als Eaton zo over de schreef is gegaan. “Mijn vermogen te veroordelen is hier volledig ontoereikend. Als door uw fraude de medicijnen waren goedgekeurd, hadden patiënten schade kunnen ondervinden.” Eatons advocaat meldde dat zijn cliënt niet langer actief is in de wetenschap.

Bron: BBC

DNA-synthese voor domkoppen

Ontwerp DNA-machine
Grappig is dat of misschien helemaal niet. De academische wereld wordt steeds commerciëler. Dat is natuurlijk al langer aan de gang, maar ik liep er onlangs tegenaan toen ik wat meer wilde weten van de ontwikkeling van een DNA-machine naar ontwerp van Thomas Knight van het MIT in Boston. De ontwikkeling van de machine was ondergebracht bij het mede door Knight opgerichte Ginkgo BioWorks. Dat was weer in zee gegaan met de Schotse ontwikkelingsmaatschappij die op haar beurt weer aanklopte bij Will Shu van de Heriot-Watt-universiteit. “Kunnen jullie niet een tipje van de sluier oplichten”, vroeg ik zowel Knight als Ginkgo zwegen in alle talen (ook het Amerikaans). Een mannetje van de Schotse ontwikkelingsmaatschappij (Schotland moet op de DNA-kaart gezet worden) stelde dat dat te maken heeft met intellectueel eigendom. Bot geld, gewoon en dan gaat de boel achter slot en grendel.
Ooit was het idee van de academia dat de vooruitgang in de wetenschap het meest gediend is met openheid. Dat idee heeft zijn langste tijd gehad: het is economie, domkop!!

Vingerafdruk kwijt

Een 62-jarige Singaporees kreeg problemen met de Amerikaanse douane, omdat hij zijn vingerafdrukken was kwijtgeraakt. Dat kwam doordat de man, mister S. genoemd, de celgroeiremmer Capecitabin(e)(handelsnaam Xeloda®, Roche) slikte. S. was eerder behandeld voor een tumor in de keel/neusholte. De man, die in de VS familie wilde bezoeken, kon de Amerikaanse douanier ervan overtuigen dat hij geen terroristische oogmerken had.
Het zogeheten hand/voet-syndroom is een nare bijwerking van deze celgroeiremmer, die in ernstige gevallen uiterst pijnlijke ontstekingen en zwellingen aan handen en voeten geeft. S. slikte het middel al drie jaar en had er weinig last van. Behoudens die verdwenen afdrukken, dan…