Eiwitstructuurvoorspeller AlphaFold kan dat nu ook met niet-eiwitten

eiwitstructuur

De structuur van eiwitten zegt veel over zijn functionaliteit

De vorm van een eiwit zegt veel over waar dat voor dient. Tot niet zo heel lang geleden moest die vorm vaak met veel moeite worden achterhaald, tot Google in 2019 met AlphaFold op de proppen kwam. Dat schijnt het eiwitonder-zoek, in combi-natie met kunst-matige intelligentie, een heel eind op weg gebracht te hebben. Nu kan AlphaFold ook de structuur (en daarmee wisselwerking met andere verbindingen) voorspellen van andere biomoleculen dan eiwitten. Lees verder

Alzheimer en Parkinson met handapparaatje snel te detecteren

Biosensor Alzheimer & Parkinson

De biosensor (afb: UCSD/David Baillot)

Hersenziektes zoals Parkinson en Alzheimer komen in een vergrijzende bevolking steeds vaker voor. Voor beide ziektes is nog steeds geen afdoende behandeling gevonden (zo ooit), maar onderzoekers van de universiteit van Californië in San Diego rond Ratneshwar Lal hebben nu een handzame biosensor ontwikkeld dat vroegtijdige aanwijzingen voor de ziektes vindt voor deze ziektes vindt in lichaamsvloeistoffen zoals bloed, urine of speeksel. Lees verder

Weer een ‘nieuwe’ bacteriebestrijder gevonden (?)

Door M- albinineans aangetast suikerriet

Door M. albineans aangetast suikerriet (afb: Robert Birch/univ. van Queensland)

Al enige jaren dreigt de situatie dat bacteriën geen last meer hebben van bacteriebestrijders (ook wel antibiotica genoemd). Er zijn in die loop van jaren al verschillende vervangers genoemd zoals de natuurlijke bacteriebestrijders: de bacteriofagen. Nu schijnen onderzoekers weer een nieuwe kandidaat gevonden te hebben. Alhoewel nieuw is die niet, net zo min als de bacteriofagen, maar kennelijk nog nooit in beeld geweest als antibioticum: albicidine. Dat wordt door het micro-organisme Xanthomonas albilineans aangemaakt en bezorgt suikerriet een vorm van bacterievuur. Lees verder

Verhoudingsgewijs steeds minder ‘doorbrekende’ wetenschap

De verbeelding van CRISPR/Cas9

De verbeelding van CRISPR/Cas9

Wat is ‘doorbrekende’ wetenschap? De redactie van het blad Nature noemt dat wetenschappelijke ontdekkingen die een vakgebied andere wegen heeft doe inslaan. Dan hebben ze het over de ontdekking van de dubbele helixstructuur van DNA in 1953. Ik zou zeggen dat daar ook de ‘ontdekking’/ontwikkeling van de CRISPR-technologie daartoe behoort. Hoe het komt dat dergelijke doorbraken in de wetenschap verhoudingsgewijs minder vaak voorkomen is een raadsel. Het aantal doorbraken is overigens vrijwel constant gebleven.
Lees verder

Volledig geautomatiseerde scheikunde met ki en synthesemachine (?)

Marty Burke (l) in zijn lab met medewerkers met linksachter de afbeeldingen van de Polen en Canadezen (afb: univ. van Illinois)

Kunstmatige intelligentie zie je op het ogenblik in bijna elke wetenschap opduiken, zinnig of onzinnig. Scheikunde is al langer ‘slachtoffer’ van die ontmenselijking, maar er lijkt nu een weg ingeslagen naar een definitief uit van menselijke wezens in het bakken en braden, zoals wij dat vroeger aan de universiteit noemden. Je hebt ki, een blokkendoos met bouwstenen en een machine die de boel op aanwijzingen van het ki-systeem in elkaar flanst. Zo stel ik me dat voor. Lees verder

Bloedtest zou kankers vroegtijdig ontdekken

Door het bepalen van DNA van kankercellen in het bloed zouden meer dan vijftig kankersoorten vroegtijdig kunnen worden ontdekt, zo hebben onderzoekers op het jaarcongres van ESMO bekend gemaakt. Ook moeilijk te detecteren kankersoorten zoals alvleesklierkanker zouden op die manier kunnen worden aangetoond. Klinische moeten aantonen dat de test ook praktisch nuttig is, want feilloos is die niet. Lees verder

Je lot wordt niet bepaald door je DNA

Aanbieding 23andme

Bedrijven als 23andme verdienen geld aan het voorspellen van je gezondheidsrisico’s aan de hand van je DNA (afb: 23andme.com)

Onderzoek van de universiteit van Alberta (Can) zou hebben uitgewezen dat DNA niet je (nood)lot bepaalt. De bijdrage van de genen aan ziektes als kanker, Alzheimer en suikerziekte zou maar op zijn hoogst 5 tot 10% zijn. Je DNA is dus nauwelijks een goede voorspeller van het verloop van je gezondheid, is de boodschap. Er zijn uitzonderingen, overigens. Lees verder

Egyptische mummies hadden nog wat DNA over

DNA van mummies doorgevlooid

Een onderzoekster van mummie-DNA (afb: univ van Tübingen)

Je kunt je natuurlijk afvragen welk doel het dient, maar het blijkt dat bij de oude mummies uit Egypte nog, neem ik aan. stukken DNA gevonden zijn. Moderne Egyptenaren hebben genetisch meer gemeen met zuidelijker gelegen Afrikaanse volken dan de oude Egyptenaren. Het verbaast me niks. Overigens zou ik gemummificeerde Egyptenaren niet meteen tot doorsnee-Egyptenaren betitelen. Lees verder

Opiaten zouden DNA verstoren en kunnen helpen bij gentherapie

Opiaten hebben invloed op de structuur van DNA

De molecuulstructuur van morfine, heterocodeïne en oripavine en trimeren daarvan (afb: Nucleid Acids Research)

Onderzoekers van de universiteit van Dublin (Ier) zouden ontdekt hebben dat bepaalde typen opiaten, die worden gebruik als pijnstillers, zich kunnen binden aan kernzuren (DNA en RNA) en daardoor de structuur veranderen. Het zou voor het eerst zijn dat dit is aangetoond. Die ontdekking zou van betekenis kunnen zijn voor de toepassing van gentherapieën, denken de wetenschappers. Lees verder